Όργανα διοίκησης του Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.) είναι:
α) ο Διοικητής και β) το Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.). (Ν.4892/22-2-2022 ΦΕΚ 28 Α)
Το Διοικητικό Συμβούλιο του ΝΑΤ συγκροτείται με απόφαση του Υπουργού Εργασίας και Κοινωνικής Ασφάλισης, είναι 11μελές και αποτελείται από:
α) Την Διοικήτρια του ΝΑΤ ως Πρόεδρο
β) Έναν ειδικό επιστήμονα, εξειδικευμένο σε θέματα κοινωνικής ασφάλισης ή δημόσιας διοίκησης,
γ) Έναν αιρετό εκπρόσωπο των εργαζομένων στο ΝΑΤ
δ) Τέσσερις (4) εφοπλιστές, ήτοι τρείς (3) εκπρόσωποι των πλοίων ξηρού και υγρού φορτίου ολικής χωρητικότητας άνω των τριών χιλιάδων (3.000)κόρων, εκ των οποίων ένας (1) εκπρόσωπος συγχρόνως και των αντίστοιχων πλοίων ολικής χωρητικότητας μέχρι (3.000) κόρων, και ένας (1) εκπρόσωπος των επιβατηγών πλοίων και
ε) Τέσσερις (4) ναυτικούς, ήτοι τρεις (3) εν ενεργεία, δύο (2) εκ των αξιωματικών και ένας (1) εκ των κατωτέρων πληρωμάτων και ένας (1) συνταξιούχος.
Τα μέλη του Δ.Σ. ορίζονται για τετραετή θητεία.